Nậm Nhùn có tổng diện tích tự nhiên là 138.804,16ha, chiếm 15,3% diện tích của tỉnh. Trong đó: Đất nông nghiệp: 84.083,11ha, chiếm 60,58% diện tích tự nhiên của huyện; đất phi nông nghiệp: 5.013,07ha, chiếm 3,61%; đất chưa sử dụng 49.666,58ha, chiếm 35,81% diện tích tự nhiên. Mặc dù diện tích đất nông nghiệp lớn nhưng diện tích đất trồng lúa bình quân đầu người thấp.